ФДТ противопоказано при беременности и лактации, индивидуальной непереносимости компонентов препарата-фотосенсибилизатора, применении ретиноидов и некоторых антибиотиков, при клаустрофобии, панических атаках, светобоязни, а также при обострении хронических заболеваний.